La dependencia federal dio a concoer que dicho proyecto carece de un estudio de impacto ambiental, además de mayor especificación de las obras que involucra, ya que se prenden llevar a cabo dentro de la poligonal del PNX.
Aunado a ello, la Semarnat requiere de mayor información por parte del gobierno estatal, sobre el proyecto planteado, ya que la información presentada hasta ahora, por parte de la Secretaría de Infraestructura (SI), es insuficiente, por lo cual es latente la afectación al medio ambiente y la zona poligonal.
Asimismo, no hay evidencia de que los desarrolladores de la obra hayan recibido los permisos de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes federal para el uso de derecho de vía de las avenidas por las que circulará el Autotrén, tal y como ya lo había adelantado el propio titular de la SI, Alfonso Sánchez García.
La SEMARNAT también se evidenció que el proyecto no presentó ni especifica el cambio de uso de suelo, ni el impacto a la flora y fauna urbana, por lo que la falta de información indica que mucha improvisación que puede tener repercusiones en la calidad de vida de la población capitalina.